Am 31. August 1990 konstituierte sich der unabhängige Untersuchungsausschuss des Kreistages und der Stadtverordnetenversammlung. Er war interfraktionell besetzt, ein Vertreter des Schulamtes, der Kriminalpolizei sowie ein Kinder- und Jugendpsychiater wirkten mit. Nach Zeugenbefragungen und Aktenstudium lag im November 1990 ein ausführlicher Abschlussbericht vor. Ausdrücklich wurde darin festgestellt, dass die Verhältnisse im Geschlossenen Jugendwerkhof in vielerlei Hinsicht härter als im Strafvollzug waren, obwohl keiner der Minderjährigen auf Grund eines gerichtlichen Strafurteils eingewiesen worden war. Von „Unterdrückung und Deformation der Individualität“ ist die Rede. Der Ausschuss empfahl Strafanzeige und Überprüfung der Erzieher durch das Schulamt. Soweit diese immer noch im öffentlichen Dienst arbeiteten, wurden sie im Jahr 1990 entlassen. Ermittlungen der Staatsanwaltschaft Leipzig begannen.
Die Enquete-Kommission des Deutschen Bundestages „Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland“ wertete den Geschlossenen Jugendwerkhof Torgau als „Bankrotterklärung des Systems“. Am 14. Juni 1993 stellte die SPD-Arbeitsgruppe der Enquete-Kommission Strafantrag gegen Margot Honecker und andere für die Torgauer Einrichtung Verantwortliche. Die Ermittlungen des Landeskriminalamtes ergaben jedoch, dass die Beweislage für eine strafrechtliche Verfolgung nicht ausreichend war.
Das Dokumentations- und Informationszentrum (DIZ) Torgau, 1991 als Förderverein gegründet und seit 1995 eine staatlich geförderte Gedenkstätte unter dem Dach der Stiftung Sächsische Gedenkstätten zur Erinnerung an die Opfer politischer Gewaltherrschaft, befasst sich mit der Geschichte der Torgauer Haftstätten der verschiedenen Verfolgungsperioden des 20. Jahrhunderts. In diesem Rahmen wurde auch die Forschung über den Geschlossenen Jugendwerkhof Torgau aufgenommen.
1996 wurde der Verein Initiativgruppe „Geschlossener Jugendwerkhof Torgau“ gegründet und richtete die „Erinnerungs- und Begegnungsstätte im ehemaligen Geschlossenen Jugendwerkhof Torgau“ ein. Ihre Aufgabe ist es, dieses Stück DDR-Geschichte vor dem Vergessen zu bewahren und an das Schicksal der Jugendlichen zu erinnern, die dem Zwang und den Erniedrigungen eines ideologisch geprägten Erziehungssystems ausgeliefert waren.
